本发明公开了一种风电集群有功功率波动的抑制方法及系统，包括：对风电场的功率预测值和风速预测值的波动性进行综合评估，根据综合波动性评分对每个风电场进行风电集群的划分；确定每种类型的风电集群的功率预测值；根据每种类型的风电集群的功率预测值所占的比例确定调度计划值的分配比例，并根据分配比例进行调度计划值的分配，以确定每种类型的风电集群的输出功率计划值；以每个风电场所属风电集群的类型和输出功率计划值以及安全边界为约束条件，以风电集群的优化控制指令为目标函数，建立风电场优化控制模型，并利用风电场优化控制模型确定每个风电场的优化控制指令，以根据每个风电场的优化控制指令对风电集群有功功率波动进行抑制。