本发明公开了一种耐氨氮复合菌剂及其应用和制备方法，含有申氏菌Shinella sp.CY‑9和鞘氨醇盒菌Sphingopyxis sp.CY‑10；其中申氏菌Shinella sp.CY‑9保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC M 2021681，鞘氨醇盒菌Sphingopyxis sp.CY‑10保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏编号为CCTCC M 2021682，具有耐高浓度氨氮的功能，能够在高氨氮条件下的好氧环境中实现同步硝化反硝化脱氮的过程，有效去除高氨氮废水中的氨氮、总氮，实现高效去除高浓度氨氮的目的，可用于处理垃圾渗滤液、工业废水、养殖废水等高氨氮废水脱氮。