本发明公开了一种同步发电机转子动态匝间短路故障检测系统及方法，该系统包括：电动机、同步发电机、电流互感器、采集卡、红外温度传感器、温度采集仪以及控制终端；利用红外温度传感器具有灵敏采集转子绕组温度和非接触式测量的特点，并且动态匝间短路时转子绕组会产生明显温升现象，通过实测转子绕组的温度信号、定子绕组三相电流信号的双重判断标准，来检测同步发电机的转子绕组动态匝间短路故障，并进行故障定位，方法易操作且灵敏度高，故障检测与定位过程高效、可靠，在转子静态匝间短路形成前期即可检测出发生动态匝间短路故障，从而降低电厂故障停机损失，更能满足实际应用需求。