本发明公开了一种脱脂南瓜籽奶酪的加工方法，包括以下步骤：步骤一、向纯牛奶中加入脱脂南瓜籽浆混合并搅拌均匀得原料液，其中，脱酯南瓜籽浆占原料液的体积分数为50‑70％；步骤二、向原料液中加入发酵剂，得复配液，复配液发酵排乳清后置于模具内烘干，得南瓜籽奶酪，其中，发酵剂为嗜热链球菌和保加利亚杆菌的混合菌，发酵剂的浓度为1‑5g/L。本发明的脱脂南瓜籽奶酪具有风味独特、口感好、营养丰富、降低胆固醇、缓解高血压、抗氧化的有益效果。