本发明公开了一种基于最大均值差异的配电网小电流接地故障区段定位方法和系统，属于配电网故障定位领域。方法包括：当系统发生单相接地故障时，确定故障线路；计算故障线路各区段双端零模电流之间的最大均值差异(maximum mean discrepancy,MMD)值，将MMD最大的区段作为故障区段；各区段双端零模电流为同一时刻采集得到。本发明方法适用于中性点小电流接地的配电网故障区段定位问题，能够有效的解决配网线路中定位盲区存在零模电流相似性特征畸变导致定位区段错误的问题，在不同的故障场景下都能够准确定位故障区段，且具有一定的鲁棒性，可以作为配电自动化系统的重要组成部分。