本发明公开了一种应用于5G网络数据通信的保护采样值数据帧方法及系统，方法包括：将每一帧数据按照信息帧头、链路信息和应用数据组帧；所述信息帧头按照帧前导字段和帧起始分隔字段组帧；所述链路信息按照以太网MAC地址、以太网IP地址和端口信息组帧；所述应用数据按照采样值帧序号、模拟量数据和状态量数据组帧。系统包括信息帧头模块、链路信息模块和应用数据模块。本发明将传统的采样值数据报文基于TCP/IP协议簇进行组帧，满足5G网络数据通信机制，能够支撑配电线路基于5G纵差保护功能的应用。