本申请提供了一种铝蜂窝夹层结构防护密闭门的设计方法和系统。该方法包括：确定铝蜂窝夹层结构防护密闭门受到核爆空气冲击波超压直接作用的等效静荷载；分别基于预设的表板厚度模型、预设的芯材厚度模型，根据表板材料、芯材材料和等效静荷载，分别确定表板的厚度取值范围和芯材的厚度取值范围；基于预设的弯曲应力模型，对表板的厚度进行调整，直至表板的弯曲应力小于等于表板的许用弯曲应力；以及，基于预设的剪切应力模型，对芯材的厚度进行调整，直至芯材的剪切应力小于等于芯材的许用剪切应力；基于预设的挠度模型，确定蜂窝夹层结构防护密闭门的门扇变形量，并根据门扇变形量对芯材的厚度进行再次调整或者对芯材材料进行调整。