本发明公开了一种变电站对时故障定位方法。为了克服现有技术仅能判断变电站时间是否同步，无法确定具体的故障位置或故障原因的问题；本发明包括以下步骤：S1：构建变电站对时系统，对时系统包括依次通信连接的卫星、时钟源、交换机和若干二次设备；S2：变电站二次设备获取卫星时间，进行时间同步；S3：二次设备判断时间同步是否成功，若是，则时间同步结束，若否，则依次分析时间同步过程的各个环节，判断故障位置。本发明依次对时间同步的各个环节进行判断，逐步缩小对时故障的范围，确定具体的故障位置，提高之后的对时故障消缺效率。