一种虚拟水流动资源效应及协同度评价方法、系统及存储介质，评价方法包括：获取测算时段内测算区域各作物生产水足迹以及作物流通贸易数据；计算测算年区域内各作物单位生产水足迹以及各作物虚拟水流动量；计算测算区域所属气候区各作物生产水足迹基准；计算测算区域内各省份各作物生产水足迹基准，评价该省份该作物生产的高效性；根据测算区域栅格尺度蓝水短缺指标评价各作物不可持续虚拟蓝水流动量；根据各作物进出口地区生产水足迹及相应贸易量，计算该贸易流通所产生间接节水量；根据测算区域栅格尺度蓝水短缺指标及水足迹基准，评价各测算区域各作物生产高效性及可持续性的协同度。本发明能够准确的为实际生产提供作物生产水足迹参考目标。