本发明公开了与畸形精子症相关的AURKC基因SNP位点及其应用，属于生物技术领域。本发明提供用于检测AURKC基因rs56255892、rs758097、rs758099位点的试剂在制备畸形精子症辅助诊断试剂盒中的应用，证明了rs758097位点的AA和GA/AA基因型及A等位基因、rs758099位点的CC基因型及C等位基因会增加畸形精子症的发病风险，且单倍型为G‑G‑T的个体罹患畸形精子症的概率较高。本发明将有助于进一步研究我国男性畸形精子症的发病机制，并且为辅助诊断和预警畸形精子症提供了工具。