本发明提出一种暖通组合机节能系统及其控制方法，所述暖通组合机用于对设备间通风，所述节能系统包括中央处理模块和与之通信连接环境量采集模块、现场运行工况采集模块；所述环境量采集模块用于采集设备间及设备间室外环境的温度数据和湿度数据；所述现场运行工况采集模块用于采集设备间的主设备负荷数据；所述中央处理模块通过对温度数据、湿度数据和主设备负荷数据的评估，对暖通组合机的电机进行控制，以节能降耗并使设备间环境符合设备运行需要；本发明能综合设备间环境参数、室外环境参数、日期、时段、负荷、保供电情况下等条件，制定最优节能策略，对组合机电机进行变频控制，在满足设备运行环境的前提下实现组合机节能运行。