本发明公开了一种文献多层引用网络关联分析方法，包括(1)获取论文文献数据及其引用关系数据、专利文献数据及其引用关系数据；(2)采用社区检测算法将文献数据进行社区划分获得多个文献簇团；(3)获取其相应文献数据，并使用LDA主题模型进行主题提取，得到每个文献簇团的主题集合；(4)使用词向量模型计算论文文献簇团和专利文献簇团之间的相似性矩阵，即获得文献数据多层引用网络关联关系。本发明提供的一种多层引用网络关联的可视化分析方法及系统，通过社区检测算法处理论文和专利的引用网络，并划分为多个社区，利用LDA主题模型结合词向量的主题关联方法实现论文和专利的簇团关联。