本发明公开一种燃料电池车辆及其燃料电池热管理系统，该系统包括具有节温器的一级热管理回路和二级热管理回路，以及两个开关；其中，所述二级热管理回路包括：P型半导体元件和N型半导体元件构成的热电偶，其两个结点端与燃料电池堆的冷却液入口处和远离冷却液入口处分别热交换连接；两个开关分别设置在所述燃料电池的两个电极与所述热电偶的P型半导体元件和N型半导体元件之间，以切换P型半导体元件和N型半导体元件与所述燃料电池的两个电极之间的电连接。本方案辅以二级热管理回路，通过优化燃料电池热管理系统，能够有效平衡燃料电池堆内部温度，可相对延长燃料电池堆的耐久性。