本发明公开了一种箱式贮丝系统中的箱子供给方法以及箱式贮丝系统，涉及烟草生产领域，用以提高烟丝加工质量。箱子供给方法包括以下步骤：将出库后的装有烟丝的箱子进行翻箱操作；如果清扫机械人正常工作，则将倾倒烟丝后的空箱子输送至清扫机械人处清扫；如果需要装箱，则将清扫得到的干净空箱子输送至装箱系统处进行装箱操作。上述技术方案，完全改变了现有的箱式贮丝系统的箱子流转流程，在箱子倾倒烟丝后，会直接采用两种方式中的一种对箱子进行清洗，清洗后的箱子，根据需要，可以直接输送至装箱系统处进行装箱操作，这样就省略了将箱子入库、堆栈、拆垛、出库等一系列的操作，使得生产工艺大大简化，整个烟丝库的运转效率得到很大的提高。