本发明公开了一种应用于有害砷渣堆体的三位一体治理结构及其施工方法，该治理结构主要包括位于砷渣堆体底部的防渗层、位于砷渣堆体内部的砷渣混合层和位于砷渣堆体外周的修复层一，修复层一上方设置有混合覆土层，混合覆土层上方设置有植被层，防渗层上方设置有修复层二。本发明以有害砷渣堆体的底部、内部和外周顶部三个不同点位为作用点，结合不同类型的微生物作用，外加铁盐、钙盐和植物对砷的联合作用，从而形成一个整体的结构，实现对砷的变价和稳定化矿化和堆存，从而降低环境风险，可有效解决现有砷渣堆体治理中存在的处理成本高和易造成二次污染的问题。