本发明公开了一种果形发育相关蛋白及其编码基因与应用。过表达本发明所示的DNA分子(靶基因是LsFS1基因)，获得LsFS1基因过表达的转基因番茄植株，转基因番茄植株果实由圆变长，果形指数明显变大且LsFS1基因表达量上调。本发明首次鉴定了与瓠瓜果形发育相关蛋白LsFS1，其编码基因在功能过量表达的条件下会引起番茄果形变长的表型，证明瓠瓜果形发育相关蛋白LsFS1或其基因在控制植物果形发育方面发挥重要作用。本发明不仅为瓠瓜果型改良提供新的基因资源，还可以扩展我们对蔬菜作物果形发育调控方面的认知。