本发明一种分散控制系统组态删除方法和系统，包括：组态工具获取列表，列表为记录控制器中程序组织单元的编号的列表；所述程序组织单元为状态正常的程序组织单元；遍历列表中所有程序组织单元的编号，组态工具向控制器下发请求报文，若到达预设时间时未收到控制器的回复报文，则再次下发请求报文，直至下发请求报文的次数达到预设次数或收到控制器的回复报文为止；下发请求报文的操作结束后，若未收到控制器的回复报文，则生成程序组织单元删除失败信息；若收到控制器的回复报文，则生成程序组织单元删除成功信息；所述请求报文用于触发控制器删除当前编号对应的程序组织单元并生成回复报文发送至组态工具。本发明能保证控制器正常删除组态。