本发明公开了一种金刚石基氮化镓高电子迁移率晶体管及其制备方法。首先在键合有临时载体晶片的氮化镓刻蚀面上制备中间介质层保护薄膜；然后使用镀膜掩膜板在介质层薄膜表面刻蚀形成纳米深度的多孔或沟槽结构；在有多孔或沟槽结构的介质层薄膜表面沉积一层金刚石多晶薄膜，填满多孔或沟槽结构并覆盖介质膜；将金刚石多晶薄膜减薄抛光至平整表面并露出带有金刚石孔柱或沟槽结构的介质层薄膜，在其表面外延生长金刚石多晶膜衬底；最后去除临时载体晶片得到金刚石基氮化镓晶片，并在金刚石基氮化镓晶片上制备高电子迁移率晶体管。该方法在介质层薄膜中形成了金刚石导热通道，有效减少了因介质层引入带来的界面热阻，有利于提高氮化镓基功率器件使用性能。