本发明公开了一种用于快速筛选瓜氨酸降解菌的简并引物，其序列为：PTP1‑F:5’‑NACHACHGGCCAHACRAA‑3’;PTP2‑R:5’‑GTHGAYATHATGGTMTTYAT‑3’;其中，简并碱基代码Y=C/T，R=A/G，H=A/C/T，B=G/T/C，N=A/G/C/T。本发明还公开了设计出的简并引物在筛选瓜氨酸降解菌方面的应用。本发明首次依据具有瓜氨酸利用能力的PTP基因设计出一对简并引物，该简并引物为具有筛选功能的通用引物，无须针对某一菌种设计特定的探针引物，方便快捷，通用性好，工作效率高，具有良好的筛选和鉴定功能；为后续探究不同菌种来源的PTP基因利用瓜氨酸能力大小的差异和受环境因素影响大小的比较提供菌种保障，为减少或消除发酵过程中生成的氨基甲酸乙酯提供了新的解决思路和方法。