本公开提供了一种配电台区多目标三相负荷不平衡相序调整方法及系统，包括以下步骤：获取配电台区负荷的数据信息，搭建换相优化数学模型；构造所述换相优化数学模型的目标函数；以电流不平衡度最小和换相开关动作个数最小为目标，基于多目标粒子群优化算法求解换相优化数学模型的非支配解集，得到各个非支配解集对应的负荷相序调整方案；利用分层序列法，按照重要程度排序，在所述得到各个非支配解集对应的负荷相序调整方案中选取每个负荷不平衡相序调整的最优方案。