本发明公开了一种基于深度傅里叶网络的超短期光伏功率预测系统，其包括：卷积层，用于对历史数据进行维度变换，统一数据的维度；位置编码层，用于对历史数据进行位置编码；深度傅里叶变换模块，包括串联的残差傅里叶模块和残差前馈神经网络模块，残差傅里叶模块包括傅里叶变换层，残差前馈神经网络模块包括前馈神经网络层，残差傅里叶模块和残差前馈神经网络模块均包括层归一化层；第一全连接层，用于在时间轴维度上对深度傅里叶变换模块输出的数据进行全连接；第二全连接层，用于在空间轴维度上对第一全连接层输出的数据进行全连接，输出下一个采样点的功率输出预测值。本发明具有预测精度高和准确性高的优点。