本发明涉及一种无刷直流电机的换相误差补偿系统及换相误差补偿方法。该系统包括：线电压获取电路、重构线电压差获取电路、反馈量获取电路和处理器；无刷直流电机的三相绕组依次通过线电压获取电路、重构线电压差获取电路和反馈量获取电路与处理器电连接，线电压获取电路用于第一相悬空时，获取第一相与第二相之间的第一线电压以及第三相与第一相之间的第二线电压；重构线电压差获取电路，用于根据第一线电压与第二线电压之间的线电压差，以及符号函数，获取重构线电压差；反馈量获取电路，用于根据换相周期和重构线电压差，确定换相误差的反馈量；处理器，用于根据换相误差的反馈量，确定换相误差的补偿量。该系统能够提高换相误差补偿的精度。