本发明涉及可再生能源和生物工程技术，公开了一种通过计算机设计发酵过程中酶制剂补料方式的方法及应用。该方法包括：在发酵过程的目标产物存在的条件下，分别测定各个酶组分的活性，其中目标产物的浓度设置为多个不同的模拟浓度；从蛋白质数据库中获得酶组分的晶体结构，选取目标产物的模型，进行酶组分在目标产物的浓度为模拟浓度时的分子动力学模拟；获取不添加酶制剂时发酵过程中目标产物的浓度值，将活性数据与分子动力学模拟结果相结合，提出各个酶组分的补料时间段和补料量。该方法能够优化发酵产乙醇时纤维素酶的添加策略，提高乙醇产量，降低成本，进而提高整个乙醇工艺的经济效益。