本发明公开了一种非最小相位系统精确跟踪控制方法，包括如下步骤：S1、建立非最小相位系统线性模型，基于输出重定义技术求解最小相位输出建立最小相位系统；S2、针对最小相位系统，以原始非最小相位系统的参考轨迹为基础，设计迭代解算方案，求解最小相位相位系统的参考轨迹；S3、利用S2中迭代求解的最小相位系统的参考轨迹，设计基于“反馈+前馈”结构的控制器。本发明在寻找到最小相位输出的基础上，通过迭代算法，利用稳定逆方法精确求解最小相位系统的参考轨迹，为控制系统设计提供先验信息，而后再设计“反馈+前馈”的控制结构，有效解决非最小相位系统现有输出重定义方法存在的近似精度不足问题，改善了此类系统的输出跟踪性能。