本发明公开一种双高线尾钢综合调控的控制方法及系统，包括如下步骤：步骤S1、实时采集一支钢活套过钢过程中前4/5的套高；步骤S2、实时采集一支钢活套过钢过程中后1/5的套高；步骤S3、将一支钢活套过钢过程中后1/5的套高与前4/5的套高进行比较，计算出一支钢活套过钢过程中后1/5的套高与一支钢活套过钢过程中前4/5的套高的比值，根据比值设定尾部套高下降量。本发明的双高线尾钢综合调控的控制方法及系统，能够快速、准确、实时且简单的控制双高线活套尾部起大套甩尾等生产瓶颈问题。