本发明提供了一种淡水生态系统健康评价方法。该方法，首先基于高通量测序技术，计算分类单元物种数、Shannon‑Wienner多样性指数、污染敏感物种相对丰度、厌氧物种相对丰度和物种网络模块化系数，再通过标准化的参数计算浮游生物完整性指数，并基于计算结果进行评价。该方法首次提出了厌氧物种相对丰度和物种网络模块化系数，并将该两指标与现有代表性指标相结合，以全面反映环境变化对浮游生物物种丰富度、物种多样性、污染敏感性、污染耐受性和水生态功能的影响，提高评价准确性；并且该两指标的提出与结合，还简化了评价流程。因此，本发明的方法，可以快速、准确、灵敏的反映淡水生态系统健康状况，有助于流域管理者实施准确有效的治理措施。