本发明提供了一种硼酸功能化磁性纳米材料及其一锅法制备方法，其特征在于，利用共沉淀法获得的磁性四氧化三铁纳米粒子表面与苯硼酸基团形成配位作用，采用一种新颖简单的一锅法制备具有分离富集糖蛋白作用的硼酸功能化的磁性纳米材料。这种一锅法制备方法具有方法简单、条反应件温和、后处理过程方便等优点。本发明所制备的硼酸功能化磁性纳米材料对标准糖蛋白和非糖蛋白如转铁蛋白、辣根过氧化物酶蛋白、免疫球蛋白、细胞色素C和溶菌酶蛋白表现出良好的富集选择性。该硼酸功能化纳米材料对蛋清实际样品中的糖蛋白的分离也具有良好的选择性，展现了良好的应用价值。