本发明公开了一种FAC镜装调系统及装调方法，FAC镜装调系统包括物料组件、转移组件、点胶组件、激光器组件、固化组件、准直透镜和CCD相机；物料组件用于放置托盘和FAC镜，转移组件用于分别对托盘和FAC镜进行转移；固化组件用于对托盘的胶液和FAC镜的胶液进行固化，使托盘通过胶液固化与激光器组件中的热沉进行连接，使FAC镜通过胶液固化与托盘连接；准直透镜用于对巴条发射的光束进行准直形成光斑，光斑映射在CCD相机上，并且CCD相机还显示光斑相较于所述巴条的发光中心轴线的偏移方向以及偏移距离，转移组件根据偏移方向以及偏移距离调整FAC镜，本发明实现对托盘和FAC镜的自动化转移和装调操作，从而替代人工手动装调操作，提高对FAC镜的装调精度和效率。