本发明公开了一种孢子发芽率计算方法、装置及存储介质，包括：获取待分类图像，通过对待分类图像进行模糊化计算判断待分类图像是否需要去模糊；若是，将待分类图像代入到预设的去模糊模型中进行模糊化处理后，进行数据分割得到第一分割图像集；若否，则将待分类图像进行数据分割得到第一分割图像集；将第一分割图像集代入到预设的分类模型中，得到孢子发芽状态的分类数据集，根据分类数据集中发芽孢子数据集的占比计算得到孢子发芽率，其中，孢子发芽状态的分类数据集包括发芽孢子数据集、未发芽孢子数据集和其他数据集。本发明实施能够有效消除孢子图像处理过程中产生的干扰，从而提高孢子发芽状态检测精度以及孢子发芽率的计算精度。