本发明公开了一种用于深水区域顶管取水的结构体系及其施工方法，属于河道取水工程技术领域，其技术方案要点是，包括工作平台、固定机构、垂直取水管和顶管，通过支撑机构、平面安装机构和施工作业平台共同形成一安全稳的作业平台，其具有较大的空间刚度，能保证在深水环境下水流冲击及偶然船只撞击下结构的稳定性，有效提高了深水区域顶管垂直取水施工的安全可靠性，为深水区域取水工程的安全施工提供参考借鉴，其作业平台为后续钢套管及垂直取水管的施工提供一个稳定可靠施工环境，使得本发明可在干燥环境下进行顶管与垂直取水管的连接，可为深水顶管取水工程提供参考。