本发明提供了一种甲板定位系统与主系统，该定位系统包括服务器和多个甲板单元；服务器，用于根据多个甲板单元的状态，从多个甲板单元中确定主动甲板单元与被动甲板单元；主动甲板单元，用于向多个水下应答器发送测距信号；主动甲板单元和被动甲板单元用于接收多个水下应答器返回的回返信号；对接收到的回返信号进行时间校正及信号幅度修正，得到甲板单元与水下应答器的距离信息；服务器，还用于根据每个甲板单元对应的距离信息，确定水下应答器的坐标。本发明通过主被动测距兼容模式策略、智能修正信号策略和智能时统控制策略，提高了水下应答器的定位的准确性。