本发明提供一种基于二级索引的数据交互方法、系统、设备及存储介质，方法包括取并解析控制器中工具端下装的组态文件，得到组态文件的更新类型和组态文件页号的解析结果；对组态文件中的指令区和数据区进行解析，得到组态文件中的IO测点的测点信息、组态文件页号及二级索引与IO测点的实时数据在数据区的数据索引值的对应关系；将所有IO测点的组态文件页号、二级索引与IO测点的测点信息发出，并获取更新生成新的点目录中的组态文件页号和二级索引信息生成的请求信息；响应于请求信息在组态文件中查找并处理目标数据。该方法当配置的组态文件变化时，控制器更新该二维列表，操作原站只需要更新二级索引即可，使得交互高效便捷。