本申请提供了一种基于移动轨迹数据的用户识别方法、装置及存储介质，该方法包括：获取任意两条待判别的目标轨迹数据，其中，目标轨迹数据为从目标区域中提取出的路径信息，目标区域为用户访问过的区域；将目标轨迹数据的表征集合输入到目标模型内，判断目标轨迹数据是否来自同一用户，其中，目标模型是由初始判别模型训练得到的，输入初始判别模型的训练参数包括：任意两条初始轨迹数据之间的共现次数、任意两条初始轨迹数据之间的角度余弦值、任意两条初始轨迹数据之间的概率偏差值、任意两条初始轨迹数据之间的相似度数值以及用于指示任意两条初始轨迹数据是否来自同一用户的标注信息。通过本申请，解决了相关技术中存在的用户识别准确率较低，稳定性不高的问题。