一种用于混排箱涵微污染水体的原位净化系统，包括设置在混排箱涵进口前的泥沙池，混排箱涵的进口端设置净化区A，净化区A由多个框式净化块a拼接组成；净化区A通过自然复氧区依次与净化区B、净化区C连接，净化区B由多个框式净化块b拼接组成；净化区C设置于混排箱涵的出口端，净化区C由多个框式净化块c组成。本发明提供的一种用于混排箱涵微污染水体的原位净化系统及方法，可以解决混排箱涵微污染水体原位净化效果不佳的问题，改善和提升混排箱涵微污染水体的水质，无需新建构筑物、无需通电和动力设备、无需人工操作，大幅降低了投资和运行成本，运维维护简便。