本发明涉及一种与猪无毛性状相关的miRNA标志物及其应用，所述miRNA标志物为miRNA‑29a‑5p，其中所述miRNA‑29a‑5p序列如SEQ ID NO.1所示，所述miRNA‑29a‑5p的前体序列如SEQ ID NO.2所示，所述miRNA‑29a‑5p与靶基因EDAR的结合位点如SEQ ID NO.3所示；当所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量低于3的判定为有毛猪，所述成熟的miRNA‑29a‑5p在猪胚胎皮肤组织中的基因表达量高于30判定为无毛猪。本发明提供的猪无毛性状相关的miRNA标志物可应用于无毛猪鉴定培育中，根据本发明的技术方案鉴定培育的无毛猪应用在医学和科研领域。