本发明公开了一种多旋翼机控制系统及方法，包括测量模块、处理模块和信息传输模块，所述处理模块包括视觉处理器和飞控主芯片，在视觉处理器中设置有检测模型和跟踪模型和调整模型，检测模型在确定任务目标后从后续的图像中框选建议区域；跟踪模型在确定任务目标后从后续的图像中框选跟踪选框；调整模型获取建议区域和跟踪选框的重叠度，根据重叠度控制光电吊舱的旋转角速度，飞控主芯片通过实时解算视线系下的法向期望过载控制旋翼机与任务目标交互或降落在任务目标上。根据本发明所述的多旋翼机控制系统及方法，识别速度快，安全稳定，尤其适合快速移动目标的跟踪、交互和降落。