本发明提供一种生态浮式防波堤的施工方法，包括以下步骤：S1、减荡平台组装；S11、在陆上预制箱体结构、减荡板和气囊；S12、将两块减荡板可转动地安装在箱体结构上，将多个气囊安装在箱体结构内；S13、在箱体结构上安装防波植物；S2、减荡平台与锚固系统安装；S21、将若干减荡平台和若干锚固系统通过运输船运至施工地点；S22、将锚链下端连接锚块，上端连接对应箱体结构，将锚块沉入到海底指定位置处，并将减荡平台放入水中；S23、安装完一个锚固系统和一个减荡平台后，按照步骤S22继续安装另一锚固系统和另一减荡平台，并将两个减荡平台相连接；S24、重复步骤S22和S23，直至满足工程所需的长度，施工完毕。本发明结构简单，消浪性能好，同时能保护生态。