本发明公开了一种基于堆栈自编码器的miRNA生物标志物识别方法及系统，该方法包括：从数据库中收集已知的人类复杂疾病和miRNA的关联信息并将关联信息以矩阵形式存储；计算疾病之间的类似性；计算miRNA之间的类似性；构建人类复杂疾病‑miRNA生物标志物对的特征向量；搭建堆栈自编码器神经网络并对神经网络参数进行预训练；利用有标签的复杂疾病‑miRNA样本对堆栈自编码器神经网络进行微调；基于训练好的堆栈自编码器神经网络识别人类复杂疾病相关miRNA生物标志物。本发明充分利用了有标签样本和无标签样本的信息，克服了传统机器学习方法通常不能充分利用无标签样本信息的局限性。