本申请提供了一种基于无人机遥感的航标巡检系统及其巡检方法，包括控制系统、巡检主机和待巡检的航标；所述控制系统包括航标历史信息库；所述控制系统还包括路线分配模块、航标失常判断模块、失常原因采集模块和路线调整模块；所述路线分配模块用于分配所述巡检主机的巡检路线；所述航标失常判断模块用于通过巡检主机获得的航标信息判断航标是否失常；所述失常原因采集模块用于通过巡检主机对失常航标的失常信息进行采集；路线调整模块用于当巡检主机采集的失常航标的失常信息不能判断其失常原因时，调整巡检路线，使用其他巡检主机对失常航标的失常信息进行采集。本申请提高了巡检效率。