本发明属于厌氧反应器技术领域，具体涉及一种采用脉冲气动搅拌的卵形厌氧反应器及其控制方法，所述厌氧反应器包括厌氧反应器本体、导气管、压气盘；厌氧反应器本体呈卵形，其顶面和底面为平面；导气管为同心套管；压气盘邻近厌氧反应器本体底面设置，且压气盘与导气管导通；压气盘包括上盘片和下盘片；上盘片设置于下盘片上方，上盘片与下盘片之间存在间隙形成第一气流通道，第一气流通道与导气管外管连通；下盘片与厌氧反应器本体底面之间存在间隙形成第二气流通道，第二气流通道与导气管内管连通。本发明通过间歇气体脉冲的搅拌作用，实现液体的有效混合，同时优化厌氧反应器的结构型式，使之更贴合搅拌流线分布，从而提升反应器的体积利用率。