本发明属于动物分子育种技术领域，涉及一种筛选牛体高变异相关分子标记的方法及其应用，所述分子标记包括位于GALNT8基因上的单核苷酸多态位点，分别为：rs133878668A﹥C、rs135659917A﹥G、rs210135533G﹥A和rs110000229A﹥G。利用全基因组关联分析方法结合基因型效应、环境效应及基因型与环境互作效应分析，准确高效地筛选体高变异相关的重要新候选基因和分子标记，方法科学合理，依据候选基因和标记设计的检测方法，具有操作简单快捷、结果准确性高和成本低的特点。