本发明公开了一种显微仪器自动调焦方法、装置、智能终端及存储介质，其中，上述显微仪器自动调焦方法包括：获取粗调焦目标距离；基于上述粗调焦目标距离控制上述显微仪器的载物台和/或物镜进行粗调焦；采集目标对象的数字图像并基于预设的评价函数以及变步长的爬山搜索算法控制粗调焦后的上述载物台和/或上述物镜进行精调焦，其中，上述目标对象设置于上述载物台上。与现有技术相比，本发明方案可实现显微仪器的自动调焦，不依赖于人眼判断，且先基于粗调焦目标距离进行粗调焦，后基于采集的数字图像和变步长的搜索算法逐步进行精调焦，进一步提升显微仪器对焦的精确度，从而提高显微仪器观测物体或拍摄图像的清晰度。