本发明涉及一种巡视器周期式自主运行控制方法，属于航天器自主控制技术领域，解决了现有巡视器无法在没有地面测控支持条件下高可靠实施测控设备自主开关机控制的问题。所述方法包括：定义周期运行任务和周期指令模板，固化在巡视器的飞行软件中；接收启动周期运行指令，更新周期运行任务对应的顶层运行控制参数，当根据顶层运行控制参数中的任务类型标识和任务主备标识识别出待运行的周期指令模板时，执行启动流程；触发飞行软件按时间片定时调度的程序，在每个调度周期内依次执行一次模板展开控制流程和一次自主切换控制流程；接收停止周期运行指令，执行停止流程。实现了巡视器在没有地面测控支持条件下的高可靠自主运行控制。