本发明涉及一种用多金属多功能磁性纳米材料的制备及其使用方法。具体步骤为：在磁性Fe3O4纳米颗粒表面原位合成亲水金属有机框架(MOF)基质多孔材料，通过金属有机框架材料中亲水配体的氨基与植酸间的静电相互作用引入磷酸根基团，并进一步固载金属离子制备成多金属多功能磁性纳米材料；金属有机框架以锆、钛等过渡金属中的一种或几种为金属中心；通过植酸固载另一种过渡金属离子。金属氧化物核、金属有机框架材料中的金属‑氧簇和植酸固载的金属离子同时提供大量的磷酸化肽亲和位点，氨基、磷酸根等亲水基团的引入可实现糖基化肽的高选择性和高效富集。通过同时捕获、分步选择性洗脱实现磷酸化肽和糖基化肽的同时富集与分离。