本发明涉及对目标核酸进行检测的方法，其一个实施方式具备制备混合液的工序、对混合液的荧光强度进行测定的工序、和基于荧光强度、对目标核酸进行检测的工序。目标核酸的探针结合区域的至少一个末端为鸟嘌呤碱基、且在距离该鸟嘌呤碱基为1～7个碱基以内的探针结合区域存在1个以上的胞嘧啶碱基。核酸探针与目标核酸杂交。核酸探针具备末端具有与该鸟嘌呤碱基相对的胞嘧啶碱基的寡核苷酸和结合于该胞嘧啶碱基的荧光色素。通过使该胞嘧啶碱基中与最接近末端鸟嘌呤碱基的胞嘧啶碱基相对的寡核苷酸上的碱基为不具有荧光色素的荧光的消光作用的碱基，和所述碱基为鸟嘌呤碱基的情况相比，不与靶核酸杂交时的荧光强度的减少较小。