本发明提供了一种晶圆角度矫正方法、系统及存储介质，该晶圆角度矫正方法包括：步骤1：获取晶圆环的圆心坐标M1(X1,Y1)，获取有角度偏差晶圆的中心坐标M2(X2,Y2)；步骤2：计算晶圆的偏差角度α，计算M1和M2之间的夹角β，计算M1和M2之间的距离R；步骤3：控制晶圆环转动偏差角度α从而使存在角度偏差的晶圆变正，并计算得到角度矫正后的晶圆中心坐标M3(X3,Y3)；步骤4：根据角度矫正后的晶圆中心坐标M3(X3,Y3)，控制晶圆环运动，使目标晶圆移至相机视野中心。本发明的有益效果是：本发明可无视晶圆环尺寸及相机视野大小，完美矫正每个存在角度偏差的晶圆。