本发明涉及一种混合烟草发酵方法，该方法将枯草芽孢杆菌、红发夫酵母分别接种于LB琼脂培养基、YPD琼脂培养基上，分别在37℃培养24h、22℃培养5‑7天，得到枯草芽孢杆菌、红发夫酵母的单菌落；将单菌落分别接种到LB液体培养基、YPD液体培养基中，并分别于37℃培养20h、22℃培养28‑29h，得到枯草芽孢杆菌、红发夫酵母种子液并将其等体积混合得到混合菌液；之后对混合菌液离心并收集菌体洗涤；洗涤后的菌体进行重悬，得到菌悬液；往烟叶中加入菌悬液和根霉粉，在25℃下发酵7‑10天。本发明中枯草芽孢杆菌、红发夫酵母和根霉复配混合能够将烟叶中淀粉、蛋白质等对烟叶品质有负面影响的大分子降解为醇类、脂类、醛类及致香小分子物质，有效改善烟叶的品质。