本发明公开了普通青霉和罗伊式乳杆菌混合发酵产物在减轻苹果连作障碍中的应用，属于农业微生物技术领域。本发明研究发现，普通青霉(Penicillium commune)D12和罗伊式乳杆菌(Lactobacillus reuteri)混合发酵产物能够促进苹果幼苗生长，增强根系活力，提高土壤酶和根酶活性，降低丙二醛含量，可培养真菌数量显著降低，可培养细菌数量显著增加，引起苹果连作障碍的镰孢属相对丰度降低，改善土壤微生物群落结构，使其往有利的方向发展，可作为防控苹果连作障碍绿色有效的措施。