本发明涉及发电、变电或配电技术领域，尤其是两相组交流永磁电机三电平变流系统优化调制方法，本发明通过协同优化两组三相变流器的运行模式和开关序列，实现了在宽调制比范围和宽功率因数范围内对直流母线电容电流纹波和直流母线电压纹波的有效抑制；通过协同优化两组三相变流器的运行模式，实现了对直流母线中点电位波动的抑制。在低调制比下，本发明有效抑制了中点电位波动，在高调制比下，本发明有效抑制了开关次中点电位波动。因此，本发明公开的两相组交流永磁电机三电平变流系统优化调制方法有助于减小直流母线电容的容值，有助于提高驱动系统的功率密度和可靠性。