一种全基因组全流程微流控自动化建库方法和装置，其中建库方法包括：在数字化微流控芯片上，以基因组DNA作为建库起始原料，通过电润湿原理控制液滴在数字化微流控芯片上的移动，依次进行基因组DNA打断、末端修复、接头连接、单链环化和DNA纳米球制备的反应，其中每一步反应的反应体系不超过10微升，反应体系包含反应组分和用于降低表面张力的表面活性剂成分。利用数字化微流控实现快速自动化建库以服务个性化测序和精准医疗体系。本发明通过电润湿原理控制液滴移动，实现全基因组全流程微流控自动化建库，成本低，无污染。